Ngày 31/5/2016 Bộ Khoa học và Công nghệ có Quyết định số 1378/QĐ-BKHCN về việc thành lập Hội đồng Tư vấn khoa học và công nghệ về An toàn hệ thống thủy điện trên bậc thang thủy điện sông Đà gồm 20 thành viên do Bộ trưởng Chu Ngọc Anh  làm Chủ tịch và Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và PTNT Hoàng Văn Thắng là Phó chủ tịch và các nhà khoa học đầu ngành tham gia Hội đồng. Hội đồng có nhiệm vụ đánh giá định kỳ hàng năm về mức độ an toàn của công trình thủy điện trên bậc thang sông Đà trên cơ sở số liệu quan trắc, đo đạc các thông số do Tập đoàn Điện lực Việt Nam lập và báo cáo. Hội đồng xem xét và kết luận về các hiện tượng bất thường của đập và hồ chưa công trình thủy điện trên bậc thang thủy điện sông Đà, khi có báo cáo của Tập đoàn Điện lực Việt Nam trong quá trình vận hành và điều tiết hồ chứa trong phòng lũ và phát điện, kiền nghị kịp thời các biện pháp xử lý khắc phực. Thẩm định các kết quả tính toán mới về lũ vượt trị số lũ thiết kế và những vấn đề có liên quan do các cơ quan chức năng kiến nghị. Xem xét và tư vấn giúp Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ để quyết định các nhiệm vụ quan trắc, nghiên cứu khoa học liên quan đến nâng cao hiệu quả chống lũ, phát điện và đảm bảo an toàn cho công trình thủy điện trên bậc thang thủy điện sông Đà.

            Thủ tướng Chính phủ giao Ban Chỉ đạo Trung ương về Phòng chống thiên tai vận hành liên hồ chứa trên bậc thang thủy điện sông Đà tại Quyết định số 1622/QĐ-TTg ngày 17/9/2015 trong đó, trách nhiệm của Ban Chỉ đạo Trung ương về Phòng chống thiên tai trong mùa lũ: Tổ chức thường trực, theo dõi chặt chẽ diễn biến tình hình mưa, lũ, tính toán các phương án điều tiết; ban hành lệnh vận hành hồ chứa thủy điện: Sơn La, Hòa Bình, Tuyên Quang, và Thác Bà; Kiểm tra, giám sát việc vận hành các hồ thủy điện cắt lũ hạ du theo lệnh, đồng thời chỉ đạo công tác phòng, chống lũ, lụt và xử lý các tính huống có ảnh hưởng đến an toàn của hệ thống đê điều ở hạ du; trình Thủ tướng Chính phủ quyết định công bố lệnh vận hành công trình đầu mối sông Đáy theo quy định khi xuất hiện lũ có chu kỳ lặp lại lớn hơn 500 năm trên hệ thống sông Hồng, hoặc xảy ra sự cố nghiêm trong đối với hệ thống đê điều khu vực Hà Nội.

            Để thực hiện nhiệm vụ nêu trên, Ban Chỉ đạo Trung ương về Phòng chống thiên tai bố trí các đơn vị Tư vấn đầu ngành bao gồm Viện Khoa học Thủy lợi Việt Nam, Viện Quy hoạch thủy lợi, Viện Cơ học,  Viện Khoa học Khí tượng Thủy văn và Biến đổi khí hậu, Trung tâm Động lực học Thủy khí môi trường, Trung tâm Chính sách và Kỹ thuật phòng chống thiên tai hàng năm triển khai tính toán vận hành liên hồ chứa trên lưu vực sông Hồng, hỗ trợ, tham mưu cho Ban Chỉ đạo Trung ương về Phòng chống thiên tai ra Quyết định vận hành khi có tình huống trong nhiệm vụ của Ban Chỉ đạo.