1. Vụ kế hoạch, Tài chính.
2. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế.
3. Vụ Pháp chế, Thanh tra.
4. Vụ Kiểm soát an toàn thiên tai.
5. Vụ Quản lý thiên tai cộng đồng.
6. Vụ Quản lý đê điều.
7. Văn phòng Tổng cục.
8. Cục Ứng phó và Khắc phục hậu quả thiên tai.
9. Trung tâm Chính sách và Kỹ thuật phòng chống thiên tai.
Các Tổ chức quy định từ khoản 1 đến khoản 8 Điều này là các tổ chức giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; tổ chức quy định tại khoản 9 Điều này là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục.
Văn phòng Tổng cục có 04 phòng; Cục Ứng phó và Khắc phục hậu quả thiên tai có văn phòng, 02 phòng và 02 chi cục.